与男性相比，女性体重轻、脂肪比例高，还有月经、妊娠、分娩、哺乳期等特点，这些生理特性的差异都会影响机体对某一特定药物的反应。

正常成年人的体脂比率，男性为12%～18%，而女性为18%～25%，高于男性。相同剂量的脂溶性药物如利多卡因、地西泮、氯丙嗪、氯氮卓等，药物分布体积更广，药物起效更快，且作用时间更长，因此这类药物对于女性的疗效往往比男性好，然而伴随而来的是，在相同给药剂量和相同给药频率下，女性出现副作用的几率也更高。

绝大多数的药物都需要经由肝脏中的微粒体药物代谢酶（肝药酶）代谢，药物代谢的性别差异最主要是由男性和女性肝药酶种类差异造成。例如，药物代谢中最常见的是肝药酶CYP3A，女性的CYP3A活性要高于男性，因此，咪达唑仑、硝苯地平等药物的清除率，女性要高于男性。雌激素等甾体类激素会对肝药酶分解某些药物产生抑制作用。

肾脏是药物排泄的主要器官，氨基糖苷类、头孢类、氟喹诺酮类、地高辛等药物的肾脏清除率女性较男性低，因此女性发生副作用的风险升高可能与此相关。

女性较男性肺活量低，潮气量更低，呼吸频率和呼吸深度的差异可能会影响经呼吸道吸收的药物作用以及对呼吸系统所产生的副反应。女性对疼痛的敏感性高于男性，雄性激素能显著提高对疼痛的耐受力。因此，女性在镇痛时往往需要更大的剂量才能和男性获得一样的止痛效果，女性在镇痛药物的使用上也有更多的不良反应，这些不良反应可能与药物的药理学作用以及激素水平有关。

男女在药物的吸收、分布、代谢、排泄的过程中的差异是客观存在的。虽然男女存在诸多的生理差异，但实际临床上的药物效果在两者中的差异还是比较小的，其中的一部分差异可能由体型差异引起，药物作用的性别差异还需进一步明确。虽然在统计学上女性发生副作用的几率要稍大一些，但绝大多数时候，药品说明书上标明的用量对男性和女性都是安全剂量。但从个体化用药的角度来考虑用药安全和处方设计时，临床用药剂量如能将性别差异与患者的疾病状态、年龄、合并用药等因素综合起来考虑，定能进一步促进安全有效的用药。